Mahouka Koukou no Rettousei (魔法科高校の劣等生, El Estudiante Irregular en la Preparatoria Mágica) ha sido adaptada varias veces al manga. El autor del manga es Fumino Hayashi. La historia es creada por el nombrado con la ayuda de Tsutomu Satō, y es ilustrado por Tsuna Kitaumi.
Comenzó a publicarse el 17 de noviembre de 2011 en la revista Gekkan GFantasy de la editorial Square Enix hasta el 18 de septiembre de 2013 adaptando el primer arco de las novelas ligeras, Capítulo de Inscripción. Fue recopilado en cuatro volúmenes tankōbon, con el último volumen publicado el 27 de diciembre de 2013.
Una adaptación manga del segundo arco comenzó su serialización en la misma revista desde el 18 de octubre de 2013, con el arte de Tsuna Kitaumi.
Una adaptación manga del tercer arco Yokohama Sōran-hen comenzó la serialización al mismo tiempo en la revista Gekkan GFantasy con el arte de Gin Amau.
Una adaptación manga del octavo volumen de novelas ligeras, Tsuioku-hen, que es principalmente una precuela que detalla los eventos antes del primer volumen, comenzó la serialización en la revista de manga shōnen Dengeki Daioh de ASCII Media Works el 27 de febrero de 2014, con el arte de Waki Ikawa.23
Un manga paralelo titulado Mahouka Koukou no Yuutousei con el arte de Yu Mori, comenzó la serialización el 27 de abril de 2012 en Dengeki Daioh. Se ha recopilado en cinco volúmenes tankōbon a partir de marzo de 2015.
